tel.: +48 22 694 55 55 ul. Świętokrzyska 12
fax: +48 22 694 36 84 00-916 Warszawa
gov.pl/finanse
e-mail: kancelaria@mf.gov.pl
1/6
Warszawa, 10 czerwca 2025 roku
Sprawa: Interpelacja nr 9917 w sprawie
stosowania podstawowych zasad
naliczania podatków wobec przedsiębiorców
Znak sprawy: DOP8.054.3.2025
Kontakt: Kancelaria MF
tel.: +48 22 694 55 55
e-mail: kancelaria@mf.gov.pl
Pan Szymon Hołownia
Marszałek Sejmu
Rzeczypospolitej Polskiej
Odpowiedź na interpelację nr 9917 w sprawie stosowania
podstawowych zasad naliczania podatków wobec
przedsiębiorców
Szanowny Panie Marszałku,
odpowiadając na interpelację nr 9917 z 27 maja 2025 r. Posła na Sejm RP pana
Michała Kowalskiego w sprawie stosowania podstawowych zasad naliczania
podatków wobec przedsiębiorców, przekazuję poniższe wyjaśnienia.
W interpelacji pan Poseł Michał Kowalski wskazał, że powziął informacje
o możliwych niepokojących incydentach dotyczący funkcjonowania aparatu
administracji skarbowej Rzeczpospolitej Polskiej, w związku z którymi mogło
dochodzić do nieprawidłowo wydanych decyzji wymiarowych z tytułu podatku
dochodowego stosując metodę szacowania. W wyniku prowadzonych postępowań
administracyjnych, jak podnosi pan Poseł, zostały wydane decyzje podatkowe
oparte na metodzie szacowania bez przeprowadzenia badań ksiąg podatkowych
oraz zastrzeżeń do ich prowadzenia.
W zasygnalizowanych panu Posłowi przypadkach pracownicy administracji
skarbowej naliczali podatki od wysokości przychodów, a nie różnicy pomiędzy ceną
sprzedaży, a kosztem zakupu. Zgodnie z art. 23 § 5 Ordynacji podatkowej,
oszacowanie podstawy opodatkowania w wysokości zbliżonej do rzeczywistej
powinno obejmować zarówno wspomnianą powyżej wartość, jak i marżę, jednakże
w zaskarżonej decyzji wysokość marży nie została określona
w drodze szacunku. Spowodowało to, że podatek dochodowy zamienił się w podatek

-- 1 of 6 --

2/6
obrotowy, dlatego, że pracownicy w sposób całkowity wyrzucili koszty sprzedanych
towarów i usług.
W związku z powyższym pan Poseł Michał Kowalski zwrócił się z prośbą o udzielenie
odpowiedzi na następujące pytania:
1. Czy ministerstwo finansów, posiada wiedzę w tym zakresie i czy wpływały
informacje w tym zakresie?
Do Ministerstwa Finansów nie były zgłaszane indywidualne przypadki dotyczące
stosowania przepisów regulujących kwestie określania podstawy opodatkowania
w drodze oszacowania w zakresie wskazanym w interpelacji pana Posła.
2. Czy bez przeprowadzenia badań ksiąg i wydania odpowiedniej decyzji
zasadnym jest stosowanie szacowania do wydania decyzji pomiarowych
z tytułu podatku dochodowego.
oraz
3. Czy jest znana prawu metoda podana wyżej i jaka jest podstawa prawna do jej
zastosowania?
Odnosząc się do pytania nr 2 i 3 na wstępie warto wskazać, że zasady udowadniania
okoliczności faktycznych w postępowaniu podatkowym normują przepisy rozdziału
11 działu IV Ordynacji podatkowej1. Na mocy art. 187 § 1 tej ustawy, organ
podatkowy jest obowiązany zebrać i w sposób wyczerpujący rozpatrzyć cały
materiał dowodowy. Ocena kwestii udowodnienia danej okoliczności jest
dokonywana na podstawie całości zgromadzonych dowodów (art. 191 Ordynacji
podatkowej). W myśl art. 180 § 1 Ordynacji podatkowej, jako dowód należy dopuścić
wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne
z prawem. W szczególności dowodami takimi mogą być księgi podatkowe.
Zgodnie z art. 193 ust. 1 Ordynacji podatkowej, aby prowadzone przez podatnika
księgi podatkowe mogły stanowić dowód tego, co wynika z zawartych w nich
zapisów, muszą być prowadzone rzetelnie i w sposób niewadliwy. Przez księgi
podatkowe, zgodnie z art. 3 pkt 4 Ordynacji podatkowej, należy rozumieć księgi
rachunkowe, podatkową księgę przychodów i rozchodów, ewidencje oraz rejestry,
do których prowadzenia, do celów podatkowych, na podstawie odrębnych
przepisów, obowiązani są podatnicy, płatnicy lub inkasenci.
W myśl art. 193 § 2 Ordynacji podatkowej, księgi podatkowe uważa się za rzetelne,
jeżeli dokonywane w nich zapisy odzwierciedlają stan rzeczywisty.
Za niewadliwe - zgodnie z art. 193 § 3 Ordynacji podatkowej - uważa się księgi
podatkowe prowadzone zgodnie z zasadami wynikającymi z odrębnych przepisów.
Art. 193 § 4 Ordynacji podatkowej wskazuje, że organ podatkowy nie uznaje za
dowód ksiąg podatkowych, które są prowadzone nierzetelnie lub w sposób wadliwy.
1 Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r. poz. 111, ze zm.),
w piśmie: Ordynacja podatkowa

-- 2 of 6 --

3/6
Organ podatkowy, w przypadku odrzucenia ksiąg jako dowodu, ze względu na to, że
są prowadzone w sposób wadliwy, zobligowany jest wykazać niezgodność zapisów
z zasadami dokonywania tych zapisów, a także wskazać, że wady te mają istotne
znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy.
NSA w wyroku z 28 maja 2003 r.2 stwierdził, że „Szacowanie jest dopuszczalne
dopiero po uznaniu księgi podatkowej za nierzetelną, a w konsekwencji po
nieuznaniu jej za dowód tego, co wynika z zawartych w niej zapisów /art. 23 par. 1
w związku z art. 193 par. 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa
- Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./, a więc może być jedynie następstwem uznania księgi
za nierzetelną, a nie przyczyną stwierdzenia tej nierzetelności.”.
Jeżeli organ podatkowy stwierdzi, że księgi podatkowe są prowadzone nierzetelnie
lub w sposób wadliwy, to w protokole badania ksiąg określa, za jaki okres i w jakiej
części nie uznaje ksiąg za dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów
(art. 193 § 6 Ordynacji podatkowej). Jednak stwierdzona przez organ podatkowy
nierzetelność księgi podatkowej nie stwarza automatycznie podstawy do ustalenia
opodatkowania w drodze szacunkowej. Zastosowanie tego trybu może mieć miejsce
tylko wtedy, gdy nie ma innego sposobu ustalenia podstawy opodatkowania. Organ
podatkowy odstępuje od określenia podstawy opodatkowania w drodze
oszacowania, gdy dane wynikające z ksiąg podatkowych, uzupełnione dowodami
uzyskanymi w toku postępowania, pozwalają na określenie podstawy
opodatkowania.
Odnosząc się do możliwości szacowania podstawy opodatkowania w decyzji
wymiarowej w podatku dochodowym, należy zauważyć, że określenie przez organ
podatkowy podstawy opodatkowania w drodze oszacowania następuje
w przypadku zaistnienia jednej z przesłanek wymienionych w sposób
enumeratywny w art. 23 § 1 Ordynacji podatkowej, tj.:
1) brak jest ksiąg podatkowych lub innych danych niezbędnych do określenia
podstawy opodatkowania lub
2) dane wynikające z ksiąg podatkowych nie pozwalają na określenie podstawy
opodatkowania, lub
3) podatnik naruszył warunki uprawniające do korzystania ze zryczałtowanej
formy opodatkowania.
Określenie podstawy opodatkowania w drodze oszacowania z przyczyn
określonych w art. 23 § 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej jest możliwe po uprzednim
stwierdzeniu nierzetelności lub wadliwości ksiąg w protokole badania ksiąg.
Art. 23 § 2 Ordynacji podatkowej wymienia okoliczności wyłączające określenie
podstawy opodatkowania w drodze oszacowania. Zgodnie z tym przepisem organ
podatkowy odstąpi od określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania,
jeżeli:
2 Sygn. akt I SA/Łd 2418/01 (wyrok prawomocny)

-- 3 of 6 --

4/6
1) pomimo braku ksiąg podatkowych dowody uzyskane w toku postępowania,
pozwalają na określenie podstawy opodatkowania;
2) dane wynikające z ksiąg podatkowych, uzupełnione dowodami uzyskanymi
w toku postępowania, pozwalają na określenie podstawy opodatkowania.
Przepis art. 23 § 3 Ordynacji podatkowej zawiera katalog sześciu metod określania
podstawy opodatkowania w drodze oszacowania, a mianowicie: porównawczą
wewnętrzną, porównawczą zewnętrzną, remanentową, produkcyjną, kosztową oraz
udziału dochodu w obrocie. Katalog metod szacowania jest otwarty, co oznacza, że
może być ono dokonane z zastosowaniem metody zdefiniowanej w Ordynacji
podatkowej, jak również innej metody nieprzewidzianej wprost w tej ustawie3.
Podstawową regułą określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania
jest dążenie do tego, aby jej wysokość była zbliżona do rzeczywistej4. Taka
dyrektywa została zawarta w art. 23 § 5 Ordynacji podatkowej.
4. Jaka powinna zostać zastosowana metoda w opisywanych powyżej
przypadkach?
Wybór prawidłowej metody szacowania przychodu, dochodu lub wartości
transakcji determinowany jest indywidualnym stanem faktycznym każdej sprawy
i zależy od kilku czynników uwzględnianych przez organ podatkowy, celem
zapewnienia rzetelności i adekwatności tego procesu. Należą do nich: charakter
(rodzaj) działalności prowadzonej przez podatnika (branża), przedmiot i zakres
dostępnych informacji, rzetelność i kompletność dokumentacji podatkowej oraz
okoliczności konkretnej sprawy.
W tym miejscu należy także zauważyć, że ogólny charakter sformułowanego
zapytania oraz brak jednoznacznego, wyczerpującego opisu stanu faktycznego
uniemożliwia dokonanie prawidłowej oceny działania organu podatkowego.
Odnosząc się zaś do powołanego przez Pana Posła art. 2a Ordynacji podatkowej
wyjaśniam, że zgodnie z tym przepisem niedające się usunąć wątpliwości co do treści
przepisów prawa podatkowego rozstrzyga się na korzyść podatnika (zasada in dubio
pro tributario).
Zasada in dubio pro tributario odnosi się wyłącznie do wątpliwości powstałych na tle
interpretacji obowiązujących przepisów i może zostać zastosowana tylko wówczas,
gdy żadna z możliwych wykładni (językowa, systemowa, funkcjonalna) nie
rozwiązuje problemu.
W celu zapewnienia jednolitego stosowania tego przepisu przez organy podatkowe,
Minister Finansów wydał 29 grudnia 2015 r. interpretację ogólną
nr PK4.8022.44.2015, w której wskazano, że:
3 Szerzej: jw. oraz Babiarz Stefan i in., Ordynacja podatkowa. Komentarz, wyd. XII,
Opublikowano: WKP 2024, sip.lex.pl
4 Wyrok NSA z 23 kwietnia 2024 r., sygn. akt II FSK 290/23

-- 4 of 6 --

5/6
Wyrażona w art. 2a Ordynacji podatkowej zasada rozstrzygania wątpliwości na
korzyść podatnika dotyczy tylko wątpliwości co do treści przepisów prawa, a nie
wątpliwości co do stanu faktycznego.
Zasada rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika dotyczy wątpliwości
w zakresie interpretacji przepisów prawa.
W wyrokach z: 27 kwietnia 2023 r., sygn. akt I FSK 66/19, 27 kwietnia 2023 r., sygn.
akt I FSK 1162/19, 11 grudnia 2024 r., sygn. akt I FSK 665/21, 10 stycznia 2025 r.,
sygn. akt I FSK 1316/21, NSA wskazał, że:
Z jednoznacznego brzmienia art. 2a O.p. wynika, że dotyczy on wątpliwości w zakresie
treści przepisów prawa podatkowego, a więc wątpliwości, które ujawniają się
w procesie dokonywania wykładni przepisów. Przepis dotyczy zatem wprost ustalania
obowiązujących i mających zastosowanie w danej sprawie podatkowej norm prawnych
prawa podatkowego, a nie faktów, które pozwolą na zastosowanie tych norm
w sprawie podatkowej rozstrzyganej przez właściwy organ.
Ocena, czy w konkretnej sprawie wystąpiły niedające się usunąć wątpliwości co do
treści przepisów prawa podatkowego, pozostaje w gestii organu rozpatrującego tę
sprawę. Prawidłowość rozstrzygnięcia podjętego przez organ podatkowy
w indywidualnej sprawie może podlegać ocenie wyłącznie w trybie kontroli
instancyjnej i kontroli sądowo-administracyjnej.
W orzecznictwie sądów administracyjnych zauważalny jest także pogląd, że zasada
in dubio pro tributario winna odnosić się również do wątpliwości co do stanu
faktycznego (np. wyrok NSA z 13 kwietnia 2018 r. II FSK 951/16, wyrok NSA
z 28 lutego 2018 r. II FSK 627/16, wyrok NSA z 22 lutego 2011 r. II FSK 224/10).
Dostrzegając brak uregulowania, które zawierałoby wskazówki dla organów
podatkowych w sytuacji, gdy w toczącym się postępowaniu podatkowym występują
wątpliwości co do stanu faktycznego i nie ma już możliwości przeprowadzenia
dodatkowych dowodów, które by je rozwiały, Minister Finansów podjął prace
legislacyjne w tym zakresie. W projekcie ustawy o zmianie ustawy – Ordynacja
podatkowa (druk sejmowy nr 12658) przewidziano uzupełnienie art. 122 Ordynacji
podatkowej, który zobowiązuje organy podatkowe do podejmowania w toku
postępowania podatkowego wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego
wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy w postępowaniu
podatkowym (zasada prawdy obiektywnej). Do treści tego przepisu proponuje się
dodać zasadę, że w postępowaniu podatkowym wszczętym z urzędu niedające się
usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego rozstrzyga się na korzyść strony
(projektowany art. 122 § 2 Ordynacji podatkowej).
Proponowana zmiana polega na poszerzeniu stosowania istniejącej w prawie
podatkowym zasady in dubio pro tributario na pojawiające się wątpliwości co do stanu
faktycznego. Dodana regulacja umieszczona w zasadach ogólnych postępowania
podatkowego będzie stanowiła dodatkową gwarancję ochrony interesu podatnika
i innych stron postępowania.
Przedstawiając powyższe informacje wyrażam nadzieję, że zostaną one uznane
przez pana Posła za wyczerpujące.

-- 5 of 6 --

6/6
Z wyrazami szacunku
Z upoważnienia Ministra Finansów
Marcin Łoboda
Sekretarz Stanu Szef Krajowej Administracji Skarbowej

-- 6 of 6 --