Interpelacja w sprawie zasad odliczania podatku VAT z faktur wystawianych poza Krajowym Systemem e-Faktur oraz skutków nowych wytycznych Ministerstwa Finansów
Treść wystąpienia poselskiego
Interpelacja nr 15402
do ministra finansów i gospodarki
w sprawie zasad odliczania podatku VAT z faktur wystawianych poza Krajowym Systemem e-Faktur oraz skutków nowych wytycznych Ministerstwa Finansów
Zgłaszający: Janusz Kowalski
Data wpływu: 17-02-2026
W dniu 9 lutego 2026 r. Ministerstwo Finansów opublikowało nowe wytyczne dotyczące zasad rozliczania faktur wystawianych poza Krajowym Systemem e-Faktur (aktualizacja treści Podręcznika KSeF 2.0) stanowiące odpowiedź na liczne zapytania przedsiębiorców dotyczące prawa do odliczenia podatku VAT z takich dokumentów. Sam fakt wydania wytycznych potwierdza skalę niepewności prawnej, jaka powstała po stronie podatników w związku z praktycznym funkcjonowaniem systemu.
Z opublikowanego Podręcznika KSeF wynika, że prawo do odliczenia VAT z faktur wystawionych poza KSeF ma przysługiwać jedynie w okresie przejściowym od lutego do grudnia 2026 r., co w praktyce oznacza, że po 1 stycznia 2027 r. faktury nieustrukturyzowane mogą zostać zakwestionowane jako podstawa odliczenia podatku naliczonego. Tego rodzaju ograniczenie nie wynika jednak wprost z przepisów ustawy o podatku od towarów i usług, które nie uzależniają prawa do odliczenia od formatu technicznego faktury, lecz od rzeczywistego zaistnienia transakcji oraz spełnienia warunków materialnych.
W konsekwencji pojawia się istotna wątpliwość, czy wytyczne resortu finansów – jako akt niewiążący normatywnie – mogą w praktyce prowadzić do ograniczenia fundamentalnego prawa podatnika, jakim jest neutralność VAT. Szczególnie problematyczne jest przenoszenie ryzyka podatkowego na nabywcę, który nie ma realnej możliwości zweryfikowania, czy sprzedawca był zobowiązany do wystawienia faktury w KSeF ani czy dopełnił wszystkich obowiązków technicznych związanych z systemem.
Dodatkowe wątpliwości budzi wprowadzenie wymogu zachowania tzw. należytej staranności przy rozliczaniu faktur wystawionych poza KSeF, bez jednoczesnego precyzyjnego określenia, jakie konkretne działania podatnika mają tę staranność potwierdzać. Brak jasnych kryteriów oceny prowadzi do stanu niepewności prawnej i zwiększa ryzyko sporów podatkowych, w których rozstrzygnięcie zależeć będzie od uznaniowej oceny organów skarbowych.
Równolegle przedsiębiorcy sygnalizują problemy związane z zakresem danych przekazywanych do KSeF. W obawie przed ujawnianiem wrażliwych informacji handlowych, takich jak rabaty czy upusty, część podmiotów ogranicza zakres danych prezentowanych na fakturach ustrukturyzowanych. Prowadzi to do rozbieżności pomiędzy rzeczywistymi warunkami transakcji a treścią dokumentów dostępnych w systemie, co generuje spory handlowe, konieczność dodatkowej weryfikacji oraz zaburza płynność rozliczeń.
Na te krajowe wyzwania nakłada się perspektywa wdrożenia unijnego pakietu VAT in the Digital Age (ViDA), który od 1 lipca 2030 r. wprowadzi obowiązek stosowania ustrukturyzowanych faktur w obrocie transgranicznym według jednolitego standardu europejskiego. Obecny model KSeF oparty jest na krajowej strukturze danych, co rodzi pytania o zakres przyszłych zmian, interoperacyjność systemów oraz rzeczywiste koszty dostosowania, które – mimo deklaracji resortu – mogą ostatecznie zostać przeniesione na podatników.
Wszystkie powyższe kwestie wskazują, że sposób wdrażania i interpretowania przepisów dotyczących KSeF rodzi poważne wątpliwości co do spójności systemu, pewności prawa oraz ochrony podstawowych praw podatników.
W świetle powyższego proszę o udzielenie odpowiedzi na poniższe pytania:
Jaką podstawę prawną przyjęło Ministerstwo Finansów, formułując w Podręczniku KSeF z dnia 9 lutego 2026 r. stanowisko, zgodnie z którym prawo do odliczenia VAT z faktur wystawionych poza KSeF ma przysługiwać wyłącznie w okresie przejściowym do końca 2026 r., skoro obowiązujące przepisy ustawy o podatku od towarów i usług nie uzależniają prawa do odliczenia od technicznej formy faktury, lecz od spełnienia materialnych przesłanek podatkowych?
Czy Ministerstwo Finansów dostrzega ryzyko naruszenia zasady neutralności VAT wynikające z praktycznego ograniczania prawa do odliczenia podatku naliczonego na podstawie wytycznych o charakterze pozanormatywnym?
W jaki sposób resort finansów uzasadnia przenoszenie ryzyka podatkowego na nabywców, którzy nie mają realnych narzędzi do zweryfikowania, czy sprzedawca był zobowiązany do wystawienia faktury w KSeF ani czy dopełnił wszystkich obowiązków technicznych związanych z funkcjonowaniem systemu?
Jak Ministerstwo Finansów definiuje pojęcie „należytej staranności” w kontekście rozliczania faktur wystawionych poza KSeF oraz jakie konkretne, weryfikowalne działania podatnika mają potwierdzać jej dochowanie, aby ograniczyć uznaniowość organów podatkowych i ryzyko sporów po stronie podatników?
Czy resort finansów analizował skutki praktyczne obecnego modelu KSeF, w którym przedsiębiorcy – w obawie przed ujawnianiem wrażliwych informacji handlowych – ograniczają zakres danych wykazywanych na fakturach ustrukturyzowanych, oraz czy planowane są zmiany systemowe pozwalające na lepsze zabezpieczenie tajemnicy handlowej bez naruszania funkcji kontrolnych systemu?
Jakie działania zostały podjęte lub są planowane w celu zapewnienia spójności treści faktur ustrukturyzowanych z rzeczywistymi warunkami handlowymi transakcji, tak aby KSeF nie prowadził do powstawania rozbieżności dokumentacyjnych, sporów między kontrahentami oraz zakłóceń płynności rozliczeń gospodarczych?
Czy w świetle zgłaszanych wątpliwości interpretacyjnych oraz ograniczeń wynikających z wytycznych Ministerstwo Finansów rozważa wprowadzenie zmian legislacyjnych w ustawie o VAT, które w sposób jednoznaczny i normatywny uregulowałyby zasady odliczania VAT w kontekście KSeF, zamiast opierania praktyki stosowania prawa na dokumentach o charakterze instrukcyjnym?
Podsekretarz stanu Zbigniew Stawicki
Odpowiedź standardowa – resort odnosi się merytorycznie do zagadnienia z umiarkowaną ilością danych szczegółowych.
- Wymienia precyzyjne daty lub terminy (2)
Pełna treść wyekstrahowana z załącznika PDF (odpowiedź urzędowa)
11514 znakówfax: +48 22 694 36 84 00-916 Warszawa
gov.pl/finanse
e-mail: kancelaria@mf.gov.pl
1/5
Warszawa, 31 marca 2026 roku
Sprawa: Odpowiedź na interpelację nr 15402
Znak sprawy: DAK1.054.26.2026
Kontakt: Kancelaria MF
tel.: +48 22 694 55 55
e-mail: kancelaria@mf.gov.pl
Pan
Włodzimierz Czarzasty
Marszałek Sejmu
Rzeczpospolitej Polskiej
Odpowiedź na Interpelację nr 15402 w sprawie zasad odliczania
podatku VAT z faktur wystawianych poza Krajowym Systemem
e-Faktur oraz skutków nowych wytycznych Ministerstwa
Finansów
Szanowny Panie Marszałku,
W odpowiedzi na interpelacje poselską nr 15402 posła Janusza Kowalskiego
w sprawie zasad odliczania podatku VAT z faktur wystawianych poza Krajowym
Systemem e-Faktur oraz skutków nowych wytycznych Ministerstwa Finansów,
Ministerstwo Finansów przedstawia wyjaśnienia:
Jaką podstawę prawną przyjęło Ministerstwo Finansów, formułując
w Podręczniku KSeF z dnia 9 lutego 2026 r. stanowisko, zgodnie z którym
prawo do odliczenia VAT z faktur wystawionych poza KSeF ma
przysługiwać wyłącznie w okresie przejściowym do końca 2026 r., skoro
obowiązujące przepisy ustawy o podatku od towarów i usług nie
uzależniają prawa do odliczenia od technicznej formy faktury, lecz od
spełnienia materialnych przesłanek podatkowych?
Podręcznik KSeF to materiał pomocniczy, mający na celu ułatwienie wdrożenia
KSeF. Kwestia odliczenia podatku VAT z faktur wystawionych poza KSeF została
przedstawiona w Podręczniku w ujęciu czasowym od lutego do grudnia 2026 r.,
m.in. z uwagi na fazowanie terminów wejścia w życie obowiązkowego
e-fakturowania w KSeF. Dla ww. okresu nałożenie na nabywcę obowiązku
zweryfikowania, czy faktura została prawidłowo wystawiona poza KSeF, byłoby
niewspółmierne, a nawet czasami niemożliwe do wykonania.
-- 1 of 5 --
2/5
W związku ze wskazanymi powyżej przyczynami, Podręcznik skupia się na okresie
wdrożeniowym przy omawianiu tematu odliczenia podatku VAT z faktur
wystawionych poza KSeF. Ponadto z podręcznika nie wynika, że odnosi się on do
ograniczeń w odliczaniu VAT od 2027 r.
Czy Ministerstwo Finansów dostrzega ryzyko naruszenia zasady
neutralności VAT, wynikające z praktycznego ograniczania prawa do
odliczenia podatku naliczonego na podstawie wytycznych o charakterze
pozanormatywnym?
Wprowadzenie KSeF oraz publikacja materiałów pomocniczych w postaci
Podręcznika KSeF nie stanowi zagrożenia dla podstawowej zasady neutralności
podatku VAT. Zasada ta gwarantuje, że główny ciężar podatku spoczywa na
ostatecznym konsumencie, a nie przedsiębiorcy (pośredniku). Przepisy KSeF oraz
treść podręcznika nie tworzą od tej zasady wyjątków poprzez ograniczenia prawa do
odliczenia podatku VAT. Jednocześnie pozanormatywne opracowania mają
charakter pomocniczy. Ich cel ogranicza się do ułatwienia technicznego stosowania
przepisów KSeF.
Podręcznik jest więc materiałem pomocniczym dla podatników, który ma na celu
ułatwienie i wyjaśnienie krok po kroku m.in. kwestii dotyczących wystawiania
i otrzymywania faktur w KSeF. Materiał ten w sposób przystępny przybliża
szczegółowe zagadnienia dotyczące stosowania przepisów KSeF.
Co więcej, Podręcznik wskazuje wprost, że w okresie od lutego do grudnia 2026 r.
w zakresie realizacji prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur, które
pomimo obowiązku fakturowania w KSeF zostaną wystawione z jego pominięciem
(czyli w sytuacji, gdy zachodzą nieprawidłowości w działaniu po stronie wystawcy
faktury), prawo to będzie zapewnione, pod warunkiem spełnienia przesłanek
materialnych odliczenia, o których mowa w art. 86 ustawy oraz niezaistnienia
przesłanek negatywnych zgodnie z art. 88 ustawy.
W jaki sposób resort finansów uzasadnia przenoszenie ryzyka
podatkowego na nabywców, którzy nie mają realnych narzędzi do
zweryfikowania, czy sprzedawca był zobowiązany do wystawienia faktury
w KSeF ani czy dopełnił wszystkich obowiązków technicznych związanych
z funkcjonowaniem systemu?
Resort finansów nie przenosi ryzyka podatkowego na nabywców (odbiorców)
transakcji. Wprost przeciwnie podejmowane są działania w zakresie sprawnego
wdrożenia KSeF zarówno po stronie sprzedawcy (wystawcy faktury), jak i nabywcy.
Nabywca nie odpowiada obecnie za uchybienia sprzedawcy w zakresie obowiązku
wystawiania faktur w KSeF.
Ministerstwo Finansów uwzględnia kwestie dotyczące zminimalizowania ryzyka
podatkowego po stronie nabywców, w szczególności w pierwszych etapach
funkcjonowania obowiązkowego e-fakturowania w KSeF. Wyraz tego stanowią
również informacje publikowane w cytowanym Podręczniku KSeF.
-- 2 of 5 --
3/5
Tym niemniej w przypadku faktur otrzymywanych poza KSeF kluczowe dla nabywcy
pozostaje zachowanie należytej staranności przy korzystaniu z odliczenia VAT.
Jak Ministerstwo Finansów definiuje pojęcie „należytej staranności”
w kontekście rozliczania faktur wystawionych poza KSeF oraz jakie
konkretne, weryfikowalne działania podatnika mają potwierdzać jej
dochowanie, aby ograniczyć uznaniowość organów podatkowych i ryzyko
sporów po stronie podatników?
W zakresie podatku VAT nie ma jednej, sztywnej definicji „należytej staranności”.
Przepisy VAT również nie wprowadzają legalnej definicji w tym zakresie. Nie istnieje
zatem katalog zamknięty konkretnych, weryfikowalnych działań podatnika mających
potwierdzać dochowanie należytej staranności.
Pod tym pojęciem mieści się szereg działań podatnika, który powinien upewnić się,
że uczestniczy w rzeczywistej transakcji, a nie w oszustwie podatkowym.
Wykorzystanie e-fakturowania minimalizuje działania po stronie podatnika.
Fakturowanie poza KSeF może wymagać podejmowania tych działań w sposób
rozszerzony.
Wykorzystywanie faktur wystawionych poza KSeF może wpływać na zwiększone
ryzyko nieuczciwego działania takich podmiotów. Zatem wykorzystując faktury
wystawione i otrzymane z pominięciem KSeF, nabywca powinien każdorazowo
zwracać uwagę na okoliczności współpracy z takim kontrahentem, w tym,
czy kontrahent, który wystawia faktury poza KSeF (mimo ciążącego na nim
obowiązku oraz w dobie udostępnionych przez resort finansów bezpłatnych
aplikacji do wystawiania faktur w KSeF), rzetelnie dokumentuje dokonane
transakcje.
Jeśli faktura jest wystawiana przy użyciu KSeF, to ten system zapewnia
autentyczność pochodzenia, integralność treści oraz czytelność faktury
ustrukturyzowanej.
W przypadku wystawiania faktur innych niż wyżej wymienione, podatnik sam
określa sposób zapewnienia autentyczności pochodzenia, integralności treści
oraz czytelności faktur na dotychczasowych zasadach.
Czy resort finansów analizował skutki praktyczne obecnego modelu KSeF,
w którym przedsiębiorcy – w obawie przed ujawnianiem wrażliwych
informacji handlowych – ograniczają zakres danych wykazywanych na
fakturach ustrukturyzowanych, oraz czy planowane są zmiany systemowe
pozwalające na lepsze zabezpieczenie tajemnicy handlowej bez naruszania
funkcji kontrolnych systemu?
Faktura jest dokumentem potwierdzającym daną transakcję, a jej zakres jest ściśle
określony w art. 226 Dyrektywy VAT i odpowiednio zaimplementowany w art. 106e
ustawy o VAT. Struktura faktury ustrukturyzowanej (schema FA3) była
przedmiotem konsutacji z rynkiem, a wynikiem tych konsultacji jest umieszczenie
w niej elementów opcjonalnych zgłaszanych przez podmioty w ramach tych
konsultacji. Jeżeli podatnik umieszczał wcześniej na tym dokumencie dodatkowe
elementy poza wymaganymi ww. przepisem oraz poza elementami opcjonalnymi,
takie informacje można nadal przekazywać, ale w innej formie niż „na fakturze”.
-- 3 of 5 --
4/5
Rozwiązania prawne, biznesowe i techniczne dotyczące KSeF 2.0 w fazie ich
projektowania były przedmiotem licznych konsultacji i analiz. System został
stworzony z uwzględnieniem najlepszych praktyk rynkowych, a dane przekazywane
do KSeF są przechowywane w bezpiecznej infrastrukturze resortu finansów,
spełniającej krajowe oraz branżowe standardy bezpieczeństwa. Dzięki temu dane
zawarte na fakturach są w pełni chronione przed dostępem osób nieuprawnionych
oraz potencjalnymi zagrożeniami.
Jakie działania zostały podjęte lub są planowane w celu zapewnienia
spójności treści faktur ustrukturyzowanych z rzeczywistymi warunkami
handlowymi transakcji, tak aby KSeF nie prowadził do powstawania
rozbieżności dokumentacyjnych, sporów między kontrahentami oraz
zakłóceń płynności rozliczeń gospodarczych?
W celu zapewnienia spójności faktur ustrukturyzowanych z rzeczywistymi
warunkami handlowymi transakcji wprowadzono odpowiednie rozwiązania
w strukturze logicznej FA(3). Poza elementami obowiązkowymi wynikającymi
z treści ustawy o podatku od towarów i usług, w treści faktury można zawrzeć
dobrowolnie między innymi:
Informacje dotyczące warunków płatności np. termin płatności czy forma
płatności (element Platnosc),
Informacje dotyczące dodatkowych rozliczeń (obciążeń i odliczeń) mających
wpływ na finalną kwotę zapłaty (element Rozliczenie),
Informacje dotyczące warunków transakcji np. warunki dostawy, dane
dotyczące transportu i przewoźnika, numery umów i zamówień (element
WarunkiTransakcji),
Pozostałe informacje na fakturze np. stopkę faktury (element Stopka).
W KSeF 2.0 możliwe jest wystawienie faktury z załącznikiem. Załącznik stanowi
integralną część faktury (pliku xml). Wprowadzenie tej funkcjonalności technicznej
stanowi wyjście naprzeciw oczekiwaniom przedsiębiorców. Zgłaszali oni
konieczność uwzględnienia w strukturze logicznej FA(3) załącznika mieszczącego
w sobie złożone dane dotyczące jednostki miary, ilości (liczby) dostarczanych
towarów lub wykonywanych usług oraz ceny jednostkowej towarów lub usług.
W szczególności były to zgłoszenia dostawców mediów (energii, gazu itp.), którzy
w załączniku do faktury umieszczają m.in. szczegóły dotyczące zużycia energii/gazu
w podziale na poszczególne punkty poboru. Aby móc wystawiać w KSeF 2.0 faktury
z załącznikiem (z wypełnionym węzłem Zalacznik), należy zgłosić w usłudze e-Urząd
Skarbowy zamiar wystawiania tego typu faktur. Zgłoszenia są realizowane
w terminie maks. 3 dni roboczych. W załączniku do faktury można zamieszczać
wyłącznie informacje o charakterze podatkowym lub dane ściśle powiązane z tymi
informacjami (w tym np. numery liczników czy adresy punktów poboru).
Struktura logiczna e-Faktury FA(3) powstała w wyniku szerokich konsultacji
z ekspertami podatkowymi, księgowymi, biegłymi rewidentami, a także
z dostawcami oprogramowania do fakturowania oraz przyszłymi użytkownikami
API KSeF 2.0. Dzięki temu umożliwia zawarcie zarówno obowiązkowych elementów
faktury (wynikających z zapisów ustawowych) jak i elementów nieobowiązkowych,
w tym odnoszących się do warunków handlowych transakcji.
-- 4 of 5 --
5/5
Czy w świetle zgłaszanych wątpliwości interpretacyjnych oraz ograniczeń
wynikających z wytycznych, Ministerstwo Finansów rozważa
wprowadzenie zmian legislacyjnych w ustawie o VAT, które w sposób
jednoznaczny i normatywny uregulowałyby zasady odliczania VAT
w kontekście KSeF, zamiast opierania praktyki stosowania prawa
na dokumentach o charakterze instrukcyjnym?
Po fazie wdrożeniowej obowiązkowego e-fakturowania w KSeF (jeżeli po tym
okresie będą wciąż występować niejasności interpretacyjne) zostanie podjęta
decyzja czy należy dokonać zmian. Jeżeli będą konieczne, zostaną podjęte działania
w tym zakresie z perspektywą ich wprowadzenia z odpowiednio długim vacatio legis
dając czas podatnikom na dostosowanie się do nich.
Z wyrazami szacunku
Z upoważnienia Ministra Finansów i Gospodarki
Zbigniew Stawicki
Podsekretarz Stanu Zastępca Szefa Krajowej Administracji Skarbowej
w Ministerstwie Finansów
-- 5 of 5 --